Salta el contingut

El pipeline Hello

Traducció assistida per IA - més informació i suggeriments

La majoria dels nostres cursos de formació utilitzen un pipeline senzill independent del domini per demostrar conceptes i mecanismes de Nextflow. El curs Hello Nextflow mostra com desenvolupar aquest pipeline pas a pas, explicant cada decisió de disseny i implementació. Altres formacions utilitzen aquest pipeline, o parts d'ell, com a punt de partida.

Aquesta pàgina resumeix l'estat del pipeline tal com queda en completar el curs Hello Nextflow.

Descripció resumida

El workflow Hello pren un fitxer CSV que conté salutacions, les escriu en fitxers separats, converteix cadascuna a majúscules, les recull de nou juntes i genera un únic fitxer de text que conté una imatge ASCII d'un personatge divertit dient les salutacions.

Passos del workflow (processos)

Els quatre passos s'implementen com a processos de Nextflow (sayHello, convertToUpper, collectGreetings i cowpy) emmagatzemats en fitxers de mòdul separats.

  1. sayHello: Escriu cada salutació al seu propi fitxer de sortida (p. ex., "Hello-output.txt")
  2. convertToUpper: Converteix cada salutació a majúscules (p. ex., "HELLO")
  3. collectGreetings: Recull totes les salutacions en majúscules en un únic fitxer per lots
  4. cowpy: Genera art ASCII utilitzant l'eina cowpy

Diagrama

sayHello*-output.txtconvertToUpperUPPER-*collectGreetingsCOLLECTED-trio-output.txtHELLOBONJOURHOLàHello, English, 123 Bonjour, French, 456Holà, Spanish, 789greetings.csvHELLOBONJOURHOLàUPPER-Hello-output.txtUPPER-Bonjour-output.txtUPPER-Holà-output.txtcowPycowpy-COLLECTED-trio-output.txt--batch triotrio-report.txtThere were 3 greetingsin this batch.--input_________/ HOLà \| HELLO |\ BONJOUR /--------- \ ,+*^^*+___+++_ \ ,*^^^^ ) \ _+* ^**+_ \ +^ _ _++*+_+++_, ) _+^^*+_ ( ,+*^ ^ \+_ ) { ) ( ,( ,_+--+--, ^) ^\ { (\@) } f ,( ,+-^ __*_*_ ^^\_ ^\ ) {:;-/ (_+*-+^^^^^+*+*<_ _++_)_ ) ) / ( / ( ( ,___ ^*+_+* ) < < \ U _/ ) *--< ) ^\-----++__) ) ) ) ( ) _(^)^^)) ) )\^^^^^))^*+/ / / ( / (_))_^)) ) ) ))^^^^^))^^^)__/ +^^ ( ,/ (^))^)) ) ) ))^^^^^^^))^^) _) *+__+* (_))^) ) ) ))^^^^^^))^^^^^)____*^ \ \_)^)_)) ))^^^^^^^^^^))^^^^) (_ ^\__^^^^^^^^^^^^))^^^^^^^) ^\___ ^\__^^^^^^))^^^^^^^^)\\ ^^^^^\uuu/^^\uuu/^^^^\^\^\^\^\^\^\^\ ___) >____) >___ ^\_\_\_\_\_\_\) ^^^//\\_^^//\\_^ ^(\_\_\_\) ^^^ ^^ ^^^ ^

Resultats

Els resultats es publiquen en un directori anomenat results/, i la sortida final del pipeline (quan s'executa amb paràmetres per defecte) és un fitxer de text pla que conté art ASCII d'un gall dindi dient les salutacions en majúscules.

results/cowpy-COLLECTED-test-batch-output.txt
  _________
/ BONJOUR \
| HELLO   |
\ HOLà    /
---------
  \                                  ,+*^^*+___+++_
  \                           ,*^^^^              )
    \                       _+*                     ^**+_
    \                    +^       _ _++*+_+++_,         )
              _+^^*+_    (     ,+*^ ^          \+_        )
            {       )  (    ,(    ,_+--+--,      ^)      ^\
            { (\@)    } f   ,(  ,+-^ __*_*_  ^^\_   ^\       )
          {:;-/    (_+*-+^^^^^+*+*<_ _++_)_    )    )      /
          ( /  (    (        ,___    ^*+_+* )   <    <      \
          U _/     )    *--<  ) ^\-----++__)   )    )       )
            (      )  _(^)^^))  )  )\^^^^^))^*+/    /       /
          (      /  (_))_^)) )  )  ))^^^^^))^^^)__/     +^^
        (     ,/    (^))^))  )  ) ))^^^^^^^))^^)       _)
          *+__+*       (_))^)  ) ) ))^^^^^^))^^^^^)____*^
          \             \_)^)_)) ))^^^^^^^^^^))^^^^)
          (_             ^\__^^^^^^^^^^^^))^^^^^^^)
            ^\___            ^\__^^^^^^))^^^^^^^^)\\
                  ^^^^^\uuu/^^\uuu/^^^^\^\^\^\^\^\^\^\
                    ___) >____) >___   ^\_\_\_\_\_\_\)
                    ^^^//\\_^^//\\_^       ^(\_\_\_\)
                      ^^^ ^^ ^^^ ^

Podeu trobar algunes variacions en els detalls específics depenent del curs en què aparegui el pipeline.

Seqera

Seqera