Nextflow per a Imatge¶
Traducció assistida per IA - més informació i suggeriments
Aquest curs de formació està destinat a investigadors en imatge i biologia espacial que estiguin interessats en executar i personalitzar pipelines d'anàlisi de dades. Ensenya conceptes fonamentals de Nextflow relacionats amb l'execució, organització i configuració de workflows utilitzant nf-core/molkart, un pipeline per processar dades de transcriptòmica espacial de Cartografia Molecular. Les habilitats que aprendràs aquí són transferibles a qualsevol pipeline de Nextflow o nf-core.
Comencem! Feu clic al botó "Open in GitHub Codespaces" a continuació per iniciar l'entorn de formació (preferiblement en una pestanya separada), i després continueu llegint mentre es carrega.
Objectius d'aprenentatge¶
En treballar a través d'aquest curs, aprendràs a aplicar conceptes i eines fonamentals de Nextflow per executar pipelines d'anàlisi d'imatge.
Al final d'aquest taller seràs capaç de:
- Executar un workflow de Nextflow localment i monitoritzar l'execució
- Trobar i interpretar sortides (resultats) i fitxers de registre generats per Nextflow
- Executar un pipeline d'nf-core amb dades de prova i entrades personalitzades
- Configurar l'execució del pipeline utilitzant perfils i fitxers de paràmetres
- Gestionar entrades utilitzant fulls de mostres i paràmetres de línia de comandes
Audiència i prerequisits¶
Aquest curs assumeix una familiaritat mínima amb el següent:
- Experiència amb la línia de comandes
- Familiaritat bàsica amb formats de fitxer d'imatge (imatges TIFF, dades tabulars)
Per als requisits tècnics i la configuració de l'entorn, consulteu el mini-curs de Configuració de l'entorn.