Nextflow per a RNAseqcourse¶
-
Resum del curs
Traducció assistida per IA - més informació i suggeriments
Un curs pràctic que aplica Nextflow a un cas d'ús real de transcriptòmica: processament d'RNAseq bulk amb Trim Galore, HISAT2 i FastQC.
Aquest curs es basa en la formació per a principiants Hello Nextflow i demostra com utilitzar Nextflow en el context específic de l'anàlisi d'RNAseq bulk. Implementareu un pipeline de processament que retalla seqüències adaptadores, alinea lectures a un genoma de referència i realitza control de qualitat (QC) en diverses etapes.
-
Informació addicional
Requisits tècnics
Necessitareu un compte de GitHub O una instal·lació local de Nextflow. Consulteu Opcions d'entorn per a més detalls.
Objectius d'aprenentatge
- Escriure un workflow lineal per aplicar mètodes bàsics de processament i control de qualitat d'RNAseq
- Gestionar fitxers específics del domini com FASTQ i recursos de genoma de referència de manera apropiada
- Gestionar dades de seqüenciació single-end i paired-end
- Aprofitar el paradigma de flux de dades de Nextflow per paral·lelitzar el processament d'RNAseq per mostra
- Agregar informes de control de qualitat a través de múltiples passos i mostres utilitzant operadors de canal rellevants
Públic i prerequisits
- Audiència: Aquest curs està dissenyat per a investigadors en transcriptòmica i camps relacionats que volen desenvolupar o personalitzar pipelines d'anàlisi de dades.
- Habilitats: S'assumeix certa familiaritat amb la línia de comandes, conceptes bàsics de scripting i formats comuns de fitxers d'RNAseq.
- Prerequisits: Conceptes fonamentals de Nextflow i eines cobertes a Hello Nextflow.
Visió general del curs¶
Aquest curs és pràctic, amb exercicis orientats a objectius estructurats per introduir informació gradualment.
Començareu executant les eines de processament manualment al terminal per entendre la metodologia, i després construireu progressivament un pipeline de Nextflow que automatitza i escala l'anàlisi.
Pla de lliçons¶
Hem dividit això en tres parts que se centren cadascuna en aspectes específics de l'aplicació de Nextflow a un cas d'ús d'RNAseq.
| Capítol del curs | Resum | Durada estimada |
|---|---|---|
| Part 1: Visió general del mètode | Comprendre la metodologia de processament d'RNAseq i executar les eines manualment | 30 min |
| Part 2: Implementació d'una sola mostra | Construir un pipeline que retalla, alinea i fa QC d'una sola mostra, i després escalar per gestionar múltiples mostres | 60 min |
| Part 3: Implementació multi-mostra paired-end | Estendre el pipeline per gestionar dades paired-end i agregar informes de control de qualitat a través de les mostres | 45 min |
Al final d'aquest curs, podreu aplicar conceptes fonamentals de Nextflow i eines a un cas d'ús típic d'RNAseq.
Preparat per fer el curs?