Primers passos¶

Traducció assistida per IA - més informació i suggeriments

Iniciar un entorn de formació¶

Per utilitzar l'entorn preconfigurat que proporcionem a GitHub Codespaces, feu clic al botó "Open in GitHub Codespaces" que hi ha a continuació. Per a altres opcions, consulteu Opcions d'entorn.

Recomanem obrir l'entorn de formació en una pestanya o finestra nova del navegador (utilitzeu clic dret, ctrl+clic o cmd+clic segons el vostre equip) perquè pugueu continuar llegint mentre es carrega l'entorn. Haureu de mantenir aquestes instruccions obertes en paral·lel per treballar durant el curs.

Conceptes bàsics de l'entorn¶

Aquest entorn de formació conté tot el programari, codi i dades necessaris per treballar durant el curs de formació, de manera que no cal que instal·leu res vosaltres mateixos.

El codespace està configurat amb una interfície VSCode, que inclou un explorador de fitxers, un editor de codi i un terminal de línia de comandes. Totes les instruccions donades durant el curs (p. ex. "obriu el fitxer", "editeu el codi" o "executeu aquesta comanda") es refereixen a aquestes tres parts de la interfície VSCode tret que s'especifiqui el contrari.

Si esteu treballant aquest curs per compte propi, familiaritzeu-vos amb els conceptes bàsics de l'entorn per a més detalls.

Requisits de versió¶

Aquesta formació està dissenyada per a Nextflow 25.10.2 o posterior amb l'analitzador de sintaxi v2 ACTIVAT. Si utilitzeu un entorn local o personalitzat, assegureu-vos que utilitzeu la configuració correcta tal com es documenta aquí.

Prepareu-vos per treballar¶

Un cop el vostre codespace estigui en funcionament, hi ha dues coses que heu de fer abans d'endinsar-vos en la formació: establir el vostre directori de treball per a aquest curs específic i donar un cop d'ull als materials proporcionats.

Establir el directori de treball¶

Per defecte, el codespace s'obre amb el directori de treball establert a l'arrel de tots els cursos de formació, però per a aquest curs, treballarem al directori nf4-science/rnaseq/.

Canvieu de directori ara executant aquesta comanda al terminal:

cd nf4-science/rnaseq/

Podeu configurar VSCode perquè se centri en aquest directori, de manera que només els fitxers rellevants es mostrin a la barra lateral de l'explorador de fitxers:

code .

Consell

Si per qualsevol motiu sortiu d'aquest directori (p. ex. el vostre codespace entra en mode de repòs), sempre podeu utilitzar la ruta completa per tornar-hi, assumint que esteu executant això dins de l'entorn de formació de Github Codespaces:

cd /workspaces/training/nf4-science/rnaseq

Ara donem un cop d'ull als continguts.

Explorar els materials proporcionats¶

Podeu explorar els continguts d'aquest directori utilitzant l'explorador de fitxers al costat esquerre de l'espai de treball de formació. Alternativament, podeu utilitzar la comanda tree.

Durant el curs, utilitzem la sortida de tree per representar l'estructura i els continguts del directori de forma llegible, de vegades amb modificacions menors per claredat.

Aquí generem una taula de continguts fins al tercer nivell:

tree . -L 3

Contingut del directori

.
├── data
│   ├── genome.fa
│   ├── paired-end.csv
│   ├── reads
│   │   ├── ENCSR000COQ1_1.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000COQ1_2.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000COQ2_1.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000COQ2_2.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000COR1_1.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000COR1_2.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000COR2_1.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000COR2_2.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000CPO1_1.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000CPO1_2.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000CPO2_1.fastq.gz
│   │   └── ENCSR000CPO2_2.fastq.gz
│   └── single-end.csv
├── nextflow.config
├── rnaseq.nf
└── solutions
    ├── modules
    │   ├── fastqc.nf
    │   ├── fastqc_pe.nf
    │   ├── hisat2_align.nf
    │   ├── hisat2_align_pe.nf
    │   ├── multiqc.nf
    │   ├── trim_galore.nf
    │   └── trim_galore_pe.nf
    ├── rnaseq-2.1.nf
    ├── rnaseq-2.2.nf
    ├── rnaseq-2.3.nf
    ├── rnaseq-3.1.nf
    ├── rnaseq-3.2.nf
    └── rnaseq_pe-3.3.nf

Feu clic a la caixa de color per expandir la secció i veure els seus continguts. Utilitzem seccions desplegables com aquesta per mostrar la sortida esperada de les comandes així com els continguts de directoris i fitxers de manera concisa.

El fitxer rnaseq.nf és un esquelet per a un script de workflow que construireu a mesura que avanceu pel curs.
El directori modules conté esquelets per a mòduls de procés que omplireu durant el curs.
El fitxer nextflow.config és un fitxer de configuració que estableix propietats mínimes de l'entorn. Podeu ignorar-lo de moment.
El directori data conté dades d'entrada i recursos relacionats, descrits més endavant al curs.
El directori solutions conté scripts de workflow i mòduls completats que resulten de cada pas del curs. Estan pensats per ser utilitzats com a referència per comprovar el vostre treball i resoldre qualsevol problema. La solució de la Part 2 es pot utilitzar com a punt de partida per a la Part 3.

Llista de verificació de preparació¶

Creieu que esteu preparats per començar?

Entenc l'objectiu d'aquest curs i els seus prerequisits
El meu entorn està en funcionament
He establert el meu directori de treball adequadament

Si podeu marcar totes les caselles, esteu a punt per començar.

Per continuar a Part 1: Visió general del mètode, feu clic a la fletxa de la cantonada inferior dreta d'aquesta pàgina.