Erste Schritte¶

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Eine Trainingsumgebung starten¶

Um die vorgefertigte Umgebung zu nutzen, die wir auf GitHub Codespaces bereitstellen, klicke auf den Button "Open in GitHub Codespaces" unten. Für andere Optionen siehe Umgebungsoptionen.

Wir empfehlen, die Trainingsumgebung in einem neuen Browser-Tab oder -Fenster zu öffnen (verwende Rechtsklick, Strg-Klick oder Cmd-Klick, je nach deiner Ausstattung), damit du weiterlesen kannst, während die Umgebung lädt. Du musst diese Anleitung parallel geöffnet halten, um den Kurs durchzuarbeiten.

Grundlagen der Umgebung¶

Diese Trainingsumgebung enthält alle Software, Code und Daten, die zum Durcharbeiten des Trainingskurses notwendig sind, sodass du nichts selbst installieren musst.

Der Codespace ist mit einer VSCode-Oberfläche eingerichtet, die einen Dateisystem-Explorer, einen Code-Editor und ein Terminal-Shell umfasst. Alle Anweisungen während des Kurses (z.B. 'öffne die Datei', 'bearbeite den Code' oder 'führe diesen Befehl aus') beziehen sich auf diese drei Teile der VSCode-Oberfläche, sofern nicht anders angegeben.

Falls du diesen Kurs selbstständig durcharbeitest, mache dich bitte mit den Grundlagen der Umgebung vertraut, um weitere Details zu erfahren.

Versionsanforderungen¶

Dieses Training ist für Nextflow 25.10.2 oder später mit AKTIVIERTEM v2-Syntax-Parser konzipiert. Falls du eine lokale oder benutzerdefinierte Umgebung verwendest, stelle bitte sicher, dass du die korrekten Einstellungen verwendest, wie hier dokumentiert.

Bereit zum Arbeiten¶

Sobald dein Codespace läuft, musst du zwei Dinge tun, bevor du ins Training eintauchst: dein Arbeitsverzeichnis für diesen spezifischen Kurs festlegen und einen Blick auf die bereitgestellten Materialien werfen.

Das Arbeitsverzeichnis festlegen¶

Standardmäßig öffnet sich der Codespace mit dem Arbeitsverzeichnis im Stammverzeichnis aller Trainingskurse, aber für diesen Kurs arbeiten wir im Verzeichnis nf4-science/rnaseq/.

Wechsle jetzt das Verzeichnis, indem du diesen Befehl im Terminal ausführst:

cd nf4-science/rnaseq/

Du kannst VSCode so einstellen, dass es sich auf dieses Verzeichnis fokussiert, sodass nur die relevanten Dateien im Datei-Explorer in der Seitenleiste angezeigt werden:

code .

Tipp

Falls du aus irgendeinem Grund dieses Verzeichnis verlässt (z.B. dein Codespace geht in den Ruhezustand), kannst du jederzeit den vollständigen Pfad verwenden, um dorthin zurückzukehren, vorausgesetzt du arbeitest in der GitHub Codespaces Trainingsumgebung:

cd /workspaces/training/nf4-science/rnaseq

Schauen wir uns nun den Inhalt an.

Die bereitgestellten Materialien erkunden¶

Du kannst den Inhalt dieses Verzeichnisses mit dem Datei-Explorer auf der linken Seite des Trainingsarbeitsbereichs erkunden. Alternativ kannst du den Befehl tree verwenden.

Während des Kurses verwenden wir die Ausgabe von tree, um die Verzeichnisstruktur und den Inhalt in lesbarer Form darzustellen, manchmal mit geringfügigen Änderungen zur besseren Lesbarkeit.

Hier erstellen wir ein Inhaltsverzeichnis bis zur dritten Ebene:

tree . -L 3

Verzeichnisinhalt

.
├── data
│   ├── genome.fa
│   ├── paired-end.csv
│   ├── reads
│   │   ├── ENCSR000COQ1_1.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000COQ1_2.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000COQ2_1.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000COQ2_2.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000COR1_1.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000COR1_2.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000COR2_1.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000COR2_2.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000CPO1_1.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000CPO1_2.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000CPO2_1.fastq.gz
│   │   └── ENCSR000CPO2_2.fastq.gz
│   └── single-end.csv
├── nextflow.config
├── rnaseq.nf
└── solutions
    ├── modules
    │   ├── fastqc.nf
    │   ├── fastqc_pe.nf
    │   ├── hisat2_align.nf
    │   ├── hisat2_align_pe.nf
    │   ├── multiqc.nf
    │   ├── trim_galore.nf
    │   └── trim_galore_pe.nf
    ├── rnaseq-2.1.nf
    ├── rnaseq-2.2.nf
    ├── rnaseq-2.3.nf
    ├── rnaseq-3.1.nf
    ├── rnaseq-3.2.nf
    └── rnaseq_pe-3.3.nf

Klicke auf die farbige Box, um den Abschnitt zu erweitern und seinen Inhalt anzuzeigen. Wir verwenden solche ausklappbaren Abschnitte, um erwartete Befehlsausgaben sowie Verzeichnis- und Dateiinhalte auf kompakte Weise darzustellen.

Die Datei rnaseq.nf ist eine Grundstruktur für ein Workflow-Script, das du im Verlauf des Kurses aufbauen wirst.
Das Verzeichnis modules enthält Grundstrukturen für Prozessmodule, die du während des Kurses ausfüllen wirst.
Die Datei nextflow.config ist eine Konfigurationsdatei, die minimale Umgebungseigenschaften festlegt. Du kannst sie vorerst ignorieren.
Das Verzeichnis data enthält Eingabedaten und zugehörige Ressourcen, die später im Kurs beschrieben werden.
Das Verzeichnis solutions enthält die fertigen Workflow-Scripts und Module, die aus jedem Schritt des Kurses resultieren. Sie sind als Referenz gedacht, um deine Arbeit zu überprüfen und eventuelle Probleme zu beheben. Die Lösung aus Teil 2 kann als Ausgangspunkt für Teil 3 verwendet werden.

Bereitschafts-Checkliste¶

Denkst du, du bist bereit loszulegen?

Ich verstehe das Ziel dieses Kurses und seine Voraussetzungen
Meine Umgebung ist eingerichtet und läuft
Ich habe mein Arbeitsverzeichnis entsprechend festgelegt

Wenn du alle Kästchen abhaken kannst, bist du startklar.

Um mit Teil 1: Methodenübersicht fortzufahren, klicke auf den Pfeil in der unteren rechten Ecke dieser Seite.