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प्रशिक्षण वातावरण शुरू करें

हमारे द्वारा GitHub Codespaces पर प्रदान किए गए pre-built वातावरण का उपयोग करने के लिए, नीचे दिए गए "Open in GitHub Codespaces" बटन पर क्लिक करें। अन्य विकल्पों के लिए, वातावरण विकल्प देखें।

हम अनुशंसा करते हैं कि प्रशिक्षण वातावरण को एक नए ब्राउज़र टैब या विंडो में खोलें (अपने उपकरण के अनुसार right-click, ctrl-click या cmd-click का उपयोग करें) ताकि वातावरण लोड होने के दौरान आप पढ़ सकें। पाठ्यक्रम पर काम करने के लिए आपको इन निर्देशों को समानांतर में खुला रखना होगा।

Open in GitHub Codespaces

वातावरण की बुनियादी बातें

इस प्रशिक्षण वातावरण में प्रशिक्षण पाठ्यक्रम को पूरा करने के लिए आवश्यक सभी सॉफ़्टवेयर, कोड और डेटा मौजूद हैं, इसलिए आपको स्वयं कुछ भी इंस्टॉल करने की आवश्यकता नहीं है।

codespace एक VSCode इंटरफ़ेस के साथ सेट किया गया है, जिसमें एक filesystem explorer, एक code editor और एक terminal shell शामिल है। पाठ्यक्रम के दौरान दिए गए सभी निर्देश (जैसे 'फ़ाइल खोलें', 'कोड संपादित करें' या 'यह कमांड चलाएँ') VSCode इंटरफ़ेस के उन तीन भागों का संदर्भ देते हैं जब तक अन्यथा निर्दिष्ट न हो।

यदि आप इस पाठ्यक्रम को स्वयं पूरा कर रहे हैं, तो कृपया अधिक विवरण के लिए वातावरण की बुनियादी बातें से परिचित हो जाएँ।

संस्करण आवश्यकताएँ

यह प्रशिक्षण Nextflow 25.10.2 या बाद के संस्करण के लिए डिज़ाइन किया गया है v2 syntax parser ENABLED के साथ। यदि आप local या custom वातावरण का उपयोग कर रहे हैं, तो कृपया सुनिश्चित करें कि आप सही सेटिंग्स का उपयोग कर रहे हैं जैसा कि यहाँ दस्तावेज़ में बताया गया है।

काम के लिए तैयार हो जाएँ

एक बार आपका codespace चल रहा है, तो प्रशिक्षण में शामिल होने से पहले आपको दो काम करने होंगे: इस विशिष्ट पाठ्यक्रम के लिए अपनी working directory सेट करें, और प्रदान की गई सामग्रियों पर एक नज़र डालें।

Working directory सेट करें

डिफ़ॉल्ट रूप से, codespace सभी प्रशिक्षण पाठ्यक्रमों की root पर सेट work directory के साथ खुलता है, लेकिन इस पाठ्यक्रम के लिए, हम nf4-science/genomics/ डायरेक्टरी में काम करेंगे।

अब terminal में यह कमांड चलाकर directory बदलें:

cd nf4-science/genomics/

आप VSCode को इस directory पर ध्यान केंद्रित करने के लिए सेट कर सकते हैं, ताकि file explorer sidebar में केवल प्रासंगिक फ़ाइलें दिखाई दें:

code .

सुझाव

यदि किसी कारण से आप इस directory से बाहर चले जाते हैं (जैसे आपका codespace sleep mode में चला जाता है), तो आप हमेशा इसमें वापस आने के लिए पूरा path उपयोग कर सकते हैं, यह मानते हुए कि आप Github Codespaces प्रशिक्षण वातावरण में इसे चला रहे हैं:

cd /workspaces/training/nf4-science/genomics

अब आइए सामग्री पर एक नज़र डालें।

प्रदान की गई सामग्रियों का अन्वेषण करें

आप प्रशिक्षण workspace के बाईं ओर file explorer का उपयोग करके इस directory की सामग्री का अन्वेषण कर सकते हैं। वैकल्पिक रूप से, आप tree कमांड का उपयोग कर सकते हैं।

पूरे पाठ्यक्रम में, हम directory संरचना और सामग्री को पठनीय रूप में प्रस्तुत करने के लिए tree के आउटपुट का उपयोग करते हैं, कभी-कभी स्पष्टता के लिए मामूली संशोधनों के साथ।

यहाँ हम दूसरे स्तर तक सामग्री की तालिका बनाते हैं:

tree . -L 2
डायरेक्टरी सामग्री 
.
├── data
│   ├── bam
│   ├── ref
│   └── samplesheet.csv
├── genomics.nf
├── modules
│   ├── gatk_haplotypecaller.nf
│   ├── gatk_jointgenotyping.nf
│   └── samtools_index.nf
├── nextflow.config
└── solutions
    ├── part2
    └── part3

7 directories, 6 files

section का विस्तार करने और इसकी सामग्री देखने के लिए रंगीन box पर क्लिक करें। हम अपेक्षित command output के साथ-साथ directory और file की सामग्री को संक्षिप्त तरीके से प्रदर्शित करने के लिए इस तरह के collapsible sections का उपयोग करते हैं।

  • फ़ाइल genomics.nf एक workflow script के लिए scaffold है जिसे आप पाठ्यक्रम के दौरान बनाएंगे।

  • modules डायरेक्टरी में process module के लिए scaffolds हैं जिन्हें आप पाठ्यक्रम के दौरान भरेंगे।

  • फ़ाइल nextflow.config एक configuration फ़ाइल है जो न्यूनतम वातावरण गुणों को सेट करती है। आप अभी इसे अनदेखा कर सकते हैं।

  • data डायरेक्टरी में input data और संबंधित संसाधन हैं, जिनका वर्णन पाठ्यक्रम में बाद में किया गया है।

  • solutions डायरेक्टरी में पूर्ण workflow scripts और modules हैं जो पाठ्यक्रम के प्रत्येक चरण से परिणामस्वरूप बनते हैं। इनका उद्देश्य आपके काम की जाँच करने और किसी भी समस्या का निवारण करने के लिए संदर्भ के रूप में उपयोग किया जाना है। Part 2 समाधान को Part 3 के लिए शुरुआती बिंदु के रूप में उपयोग किया जा सकता है।

तैयारी चेकलिस्ट

लगता है कि आप शुरू करने के लिए तैयार हैं?

  • मैं इस पाठ्यक्रम के लक्ष्य और इसकी पूर्वापेक्षाओं को समझता हूँ
  • मेरा वातावरण चल रहा है
  • मैंने अपनी working directory उचित रूप से सेट कर दी है

यदि आप सभी boxes को check कर सकते हैं, तो आप शुरू करने के लिए तैयार हैं।

Part 1: Method overview पर जारी रखने के लिए, इस पृष्ठ के निचले दाएँ कोने में तीर पर क्लिक करें।