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RNAseq के लिए Nextflowcourse

  • कोर्स सारांश

    AI-सहायता प्राप्त अनुवाद - अधिक जानें और सुधार सुझाएं

    एक व्यावहारिक कोर्स जो Nextflow को वास्तविक दुनिया के ट्रांसक्रिप्टोमिक्स उपयोग के मामले में लागू करता है: Trim Galore, HISAT2 और FastQC के साथ बल्क RNAseq प्रोसेसिंग।

    यह कोर्स Hello Nextflow शुरुआती प्रशिक्षण पर आधारित है और दर्शाता है कि बल्क RNAseq विश्लेषण के विशिष्ट संदर्भ में Nextflow का उपयोग कैसे करें। तुम एक प्रोसेसिंग पाइपलाइन लागू करोगे जो एडॉप्टर अनुक्रमों को ट्रिम करती है, रीड्स को जीनोम संदर्भ के साथ संरेखित करती है और कई चरणों में गुणवत्ता नियंत्रण (QC) करती है।

  • अतिरिक्त जानकारी

    तकनीकी आवश्यकताएँ

    आपको एक GitHub खाता या Nextflow का लोकल इंस्टॉलेशन चाहिए होगा। अधिक जानकारी के लिए वातावरण विकल्प देखें।

    सीखने के उद्देश्य
    • बुनियादी RNAseq प्रोसेसिंग और QC विधियों को लागू करने के लिए एक रैखिक वर्कफ़्लो लिखना
    • FASTQ जैसी डोमेन-विशिष्ट फ़ाइलों और जीनोम संदर्भ संसाधनों को उचित रूप से संभालना
    • सिंगल-एंड और पेयर्ड-एंड सीक्वेंसिंग डेटा को संभालना
    • प्रति-नमूना RNAseq प्रोसेसिंग को समानांतरित करने के लिए Nextflow के डेटाफ़्लो प्रतिमान का लाभ उठाना
    • प्रासंगिक channel ऑपरेटरों का उपयोग करके कई चरणों और नमूनों में QC रिपोर्ट एकत्रित करना
    लक्षित दर्शक और पूर्वापेक्षाएँ
    • दर्शक: यह कोर्स ट्रांसक्रिप्टोमिक्स और संबंधित क्षेत्रों के शोधकर्ताओं के लिए है जो डेटा विश्लेषण पाइपलाइन विकसित करने या कस्टमाइज़ करने में रुचि रखते हैं।
    • कौशल: कमांड लाइन, बुनियादी स्क्रिप्टिंग अवधारणाओं और सामान्य RNAseq फ़ाइल फॉर्मेट के साथ कुछ परिचितता मानी जाती है।
    • पूर्वापेक्षाएँ: Hello Nextflow में कवर की गई बुनियादी Nextflow अवधारणाएँ और टूलिंग।

कोर्स अवलोकन

यह कोर्स व्यावहारिक है, जिसमें लक्ष्य-उन्मुख अभ्यास हैं जो जानकारी को धीरे-धीरे पेश करने के लिए संरचित हैं।

तुम पहले प्रोसेसिंग टूल को टर्मिनल में मैन्युअल रूप से चलाकर पद्धति को समझोगे, फिर धीरे-धीरे एक Nextflow पाइपलाइन बनाओगे जो विश्लेषण को स्वचालित और स्केल करती है।

पाठ योजना

हमने इसे तीन भागों में विभाजित किया है जो प्रत्येक RNAseq उपयोग के मामले में Nextflow को लागू करने के विशिष्ट पहलुओं पर ध्यान केंद्रित करते हैं।

कोर्स अध्याय सारांश अनुमानित अवधि
भाग 1: विधि अवलोकन RNAseq प्रोसेसिंग पद्धति को समझना और टूल को मैन्युअल रूप से चलाना 30 मिनट
भाग 2: सिंगल-सैंपल कार्यान्वयन एक पाइपलाइन बनाना जो एक नमूने को ट्रिम, संरेखित और QC करती है, फिर कई नमूनों को संभालने के लिए स्केल करना 60 मिनट
भाग 3: मल्टी-सैंपल पेयर्ड-एंड कार्यान्वयन पाइपलाइन को पेयर्ड-एंड डेटा संभालने और नमूनों में QC रिपोर्ट एकत्रित करने के लिए विस्तारित करना 45 मिनट

इस कोर्स के अंत तक, तुम एक विशिष्ट RNAseq उपयोग के मामले में बुनियादी Nextflow अवधारणाओं और टूलिंग को लागू करने में सक्षम होगे।

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