Versioni di Nextflow
Versione della sintassi di Nextflow attualmente supportata e requisiti¶
A partire dalla versione 3.0 del portale di formazione, tutti i nostri corsi di formazione si basano sulla versione 25.10.2 di Nextflow, salvo diversa indicazione nella pagina indice del corso (ad eccezione dei materiali deprecati o archiviati che potrebbero non includere un avviso sulla versione).
Poiché i corsi ora utilizzano input tipizzati a livello di flusso di lavoro e direttive di output a livello di flusso di lavoro, richiedono l'uso del parser di sintassi V2. Se prevedete di utilizzare l'ambiente che forniamo tramite Github Codespaces o devcontainer locali, non dovete fare nulla a meno che non sia specificato nelle istruzioni del corso. Tuttavia, se prevedete di seguire le formazioni nel vostro ambiente (Installazione manuale), dovrete assicurarvi di utilizzare Nextflow versione 25.10.2 o successiva con il parser di sintassi v2 abilitato.
Versioni precedenti dei materiali di formazione¶
I nostri materiali di formazione sono versionati da febbraio 2025.
Potete accedere alle versioni precedenti dei materiali di formazione che funzionano con versioni di Nextflow precedenti alla 25.10.2 tramite il menu a tendina nella parte superiore di ogni pagina che mostra la versione numerata dei materiali di formazione. Quando selezionate una versione precedente dei materiali di formazione, i link all'ambiente di formazione specificheranno automaticamente la versione corrispondente dell'ambiente.
Altre informazioni sulle versioni della sintassi di Nextflow¶
Nextflow ha due concetti di versionamento distinti che a volte vengono confusi: versioni DSL e versioni del parser di sintassi.
DSL1 vs DSL2 si riferisce a modi fondamentalmente diversi di scrivere pipeline Nextflow.
DSL1 era la sintassi originale in cui i processi erano collegati implicitamente attraverso i canali.
DSL2, introdotto in Nextflow 20.07, ha aggiunto funzionalità di modularità: la possibilità di importare processi e flussi di lavoro da altri file, blocchi workflow espliciti e output di processo nominati.
DSL1 è stato deprecato in Nextflow 22.03 e rimosso nella 22.12.
Tutto il codice Nextflow moderno utilizza DSL2.
Parser di sintassi v1 vs v2 si riferisce a parser diversi che entrambi funzionano con il codice DSL2. Il parser v1 è il parser originale, più permissivo. Il parser v2 è più rigoroso e abilita nuove funzionalità del linguaggio come la tipizzazione statica (input e output tipizzati) e direttive di output a livello di flusso di lavoro. Il parser v2 fornisce anche messaggi di errore migliori e rileva più errori al momento del parsing piuttosto che durante l'esecuzione. Il parser v2 diventerà il predefinito in Nextflow 26.04.
In sintesi: DSL2 è il linguaggio che scrivete; la versione del parser di sintassi determina quanto rigorosamente quel linguaggio viene interpretato e quali funzionalità avanzate sono disponibili.
Verificare e impostare la versione di Nextflow¶
Potete verificare quale versione di Nextflow è installata sul vostro sistema utilizzando il comando nextflow --version.
Per maggiori informazioni su come aggiornare la vostra versione di Nextflow, consultate la documentazione di riferimento su Aggiornamento di Nextflow.
Abilitare il parser di sintassi v2¶
Per abilitare il parser di sintassi v2 per la sessione corrente, eseguite il seguente comando nel vostro terminale:
Per rendere questa impostazione permanente (in attesa che v2 diventi il predefinito in Nextflow 26.04), aggiungete il comando export al vostro profilo shell (~/.bashrc, ~/.zshrc, ecc.):
Notate che la variabile d'ambiente NXF_SYNTAX_PARSER=v2 è un requisito temporaneo.
Da Nextflow 26.04 in poi, il parser v2 diventerà il predefinito e questa impostazione non sarà più necessaria.
Disabilitare il parser di sintassi v2¶
Per disabilitare il parser di sintassi v2 per la sessione corrente, eseguite il seguente comando nel vostro terminale:
Migrazione del codice esistente¶
Per indicazioni sulla migrazione del codice esistente per conformarsi alle versioni più recenti di Nextflow, consultate le Note di migrazione nella documentazione di riferimento.
Questi due articoli sono particolarmente utili per la migrazione alla versione più recente:
Entrambe queste funzionalità sono trattate come parte della formazione per principianti a partire dalla versione 3.0 dei materiali di formazione.
A seconda della generazione del codice Nextflow che intendete migrare, potreste essere in grado di completare la maggior parte del lavoro utilizzando il linter di Nextflow con il comando nextflow lint -format.
Consultate il riferimento CLI per lint per maggiori dettagli.
Speriamo che questo sia utile. Se avete bisogno di aiuto, contattateci su Slack o sul forum.
