Nextflow per RNAseqcourse¶
-
Riepilogo del corso
Traduzione assistita da IA - scopri di più e suggerisci miglioramenti
Un corso pratico che applica Nextflow a un caso d'uso reale di trascrittomica: elaborazione di RNAseq bulk con Trim Galore, HISAT2 e FastQC.
Questo corso si basa sulla formazione per principianti Hello Nextflow e dimostra come utilizzare Nextflow nel contesto specifico dell'analisi RNAseq bulk. Implementerete una pipeline di elaborazione che rimuove le sequenze adattatrici, allinea le letture a un genoma di riferimento ed esegue il controllo qualità (QC) in diverse fasi.
-
Informazioni aggiuntive
Requisiti tecnici
Avrai bisogno di un account GitHub OPPURE di un'installazione locale di Nextflow. Consulta Opzioni ambiente per maggiori dettagli.
Obiettivi di apprendimento
- Scrivere un flusso di lavoro lineare per applicare metodi di elaborazione e QC di base per RNAseq
- Gestire appropriatamente file specifici del dominio come FASTQ e risorse di genomi di riferimento
- Gestire dati di sequenziamento single-end e paired-end
- Sfruttare il paradigma dataflow di Nextflow per parallelizzare l'elaborazione RNAseq per campione
- Aggregare report di QC attraverso più fasi e campioni utilizzando operatori di canale rilevanti
Destinatari e prerequisiti
- Pubblico: Questo corso è progettato per ricercatori in trascrittomica e campi correlati che desiderano sviluppare o personalizzare pipeline di analisi dati.
- Competenze: Si presuppone una certa familiarità con la riga di comando, concetti di scripting di base e formati di file RNAseq comuni.
- Prerequisiti: Concetti e strumenti fondamentali di Nextflow trattati in Hello Nextflow.
Panoramica del corso¶
Questo corso è pratico, con esercizi orientati agli obiettivi strutturati per introdurre le informazioni gradualmente.
Inizierete eseguendo manualmente gli strumenti di elaborazione nel terminale per comprendere la metodologia, quindi costruirete progressivamente una pipeline Nextflow che automatizza e scala l'analisi.
Piano delle lezioni¶
Abbiamo suddiviso il corso in tre parti che si concentrano ciascuna su aspetti specifici dell'applicazione di Nextflow a un caso d'uso RNAseq.
| Capitolo del corso | Riepilogo | Durata stimata |
|---|---|---|
| Parte 1: Panoramica del metodo | Comprensione della metodologia di elaborazione RNAseq ed esecuzione manuale degli strumenti | 30 minuti |
| Parte 2: Implementazione per singolo campione | Costruzione di una pipeline che elabora, allinea e controlla la qualità di un singolo campione, quindi scala a più campioni | 60 minuti |
| Parte 3: Implementazione multi-campione paired-end | Estensione della pipeline per gestire dati paired-end e aggregare report di QC attraverso i campioni | 45 minuti |
Al termine di questo corso, sarete in grado di applicare concetti e strumenti fondamentali di Nextflow a un caso d'uso tipico di RNAseq.
Pronti per iniziare il corso?