시작하기¶

교육 환경 시작하기¶

GitHub Codespaces에서 제공하는 사전 구축된 환경을 사용하려면 아래의 "Open in GitHub Codespaces" 버튼을 클릭하십시오. 다른 옵션은 환경 옵션을 참조하십시오.

환경이 로드되는 동안 계속 읽을 수 있도록 새 브라우저 탭이나 창에서 교육 환경을 여는 것을 권장합니다(사용하는 장비에 따라 마우스 오른쪽 버튼 클릭, ctrl-클릭 또는 cmd-클릭을 사용하십시오). 과정을 진행하려면 이 지침을 병렬로 열어 두어야 합니다.

환경 기본 사항¶

이 교육 환경에는 교육 과정을 진행하는 데 필요한 모든 소프트웨어, 코드 및 데이터가 포함되어 있으므로 직접 설치할 필요가 없습니다.

코드스페이스는 파일 시스템 탐색기, 코드 편집기, 터미널 셸이 포함된 VSCode 인터페이스로 설정되어 있습니다. 과정 중에 제공되는 모든 지침(예: '파일 열기', '코드 편집' 또는 '이 명령 실행')은 별도로 명시되지 않는 한 VScode 인터페이스의 이 세 부분을 참조합니다.

혼자서 이 과정을 진행하는 경우, 자세한 내용은 환경 기본 사항을 숙지하십시오.

버전 요구 사항¶

이 교육은 Nextflow 25.10.2 이상 및 v2 구문 분석기가 활성화된 버전을 위해 설계되었습니다. 로컬 또는 사용자 지정 환경을 사용하는 경우, 여기에 문서화된 대로 올바른 설정을 사용하고 있는지 확인하십시오.

작업 준비하기¶

코드스페이스가 실행되면, 교육에 들어가기 전에 두 가지를 해야 합니다: 이 특정 과정의 작업 디렉토리를 설정하고 제공된 자료를 살펴보는 것입니다.

작업 디렉토리 설정하기¶

기본적으로 코드스페이스는 모든 교육 과정의 루트에 작업 디렉토리가 설정된 상태로 열리지만, 이 과정에서는 nf4-science/genomics/ 디렉토리에서 작업할 것입니다.

터미널에서 다음 명령을 실행하여 지금 디렉토리를 변경하십시오:

cd nf4-science/genomics/

VSCode가 이 디렉토리에 집중하도록 설정하여 파일 탐색기 사이드바에 관련 파일만 표시되도록 할 수 있습니다:

code .

팁

어떤 이유로든 이 디렉토리에서 이동한 경우(예: 코드스페이스가 중지(sleep) 상태가 된 경우), GitHub Codespaces 교육 환경 내에서 실행한다고 가정할 때 항상 전체 경로를 사용하여 돌아올 수 있습니다:

cd /workspaces/training/nf4-science/genomics

이제 내용을 살펴보겠습니다.

제공된 자료 탐색하기¶

교육 작업 공간 왼쪽의 파일 탐색기를 사용하여 이 디렉토리의 내용을 탐색할 수 있습니다. 또는 tree 명령을 사용할 수도 있습니다.

과정 전반에 걸쳐 tree의 출력을 사용하여 디렉토리 구조와 내용을 읽기 쉬운 형태로 표현하며, 때로는 명확성을 위해 약간 수정합니다.

여기서는 두 번째 레벨까지 목차를 생성합니다:

tree . -L 2

디렉토리 내용

.
├── data
│   ├── bam
│   ├── ref
│   └── samplesheet.csv
├── genomics.nf
├── modules
│   ├── gatk_haplotypecaller.nf
│   ├── gatk_jointgenotyping.nf
│   └── samtools_index.nf
├── nextflow.config
└── solutions
    ├── part2
    └── part3

7 directories, 6 files

색상이 있는 상자를 클릭하여 섹션을 확장하고 내용을 확인하십시오. 이와 같은 접을 수 있는 섹션을 사용하여 예상되는 명령 출력과 디렉토리 및 파일 내용을 간결한 방식으로 표시합니다.

genomics.nf 파일은 과정을 진행하면서 구축할 워크플로우 스크립트의 기본 틀입니다.
modules 디렉토리에는 과정 중에 채워 넣을 프로세스 모듈의 기본 틀이 포함되어 있습니다.
nextflow.config 파일은 최소한의 환경 속성을 설정하는 구성 파일입니다. 지금은 무시하셔도 됩니다.
data 디렉토리에는 과정 후반부에 설명될 입력 데이터와 관련 리소스가 포함되어 있습니다.
solutions 디렉토리에는 과정의 각 단계에서 완성되는 워크플로우 스크립트와 모듈이 포함되어 있습니다. 이는 작업을 확인하고 문제를 해결하기 위한 참조 자료로 사용됩니다. Part 2 해결책은 Part 3의 시작점으로 사용할 수 있습니다.

준비 확인 목록¶

준비가 되셨다고 생각하십니까?

이 과정의 목표와 전제 조건을 이해했습니다
환경이 실행되고 있습니다
작업 디렉토리를 적절하게 설정했습니다

모든 항목을 확인할 수 있다면 시작할 준비가 된 것입니다.

Part 1: 방법 개요로 계속 진행하려면 이 페이지 오른쪽 하단의 화살표를 클릭하십시오.