시작하기¶

교육 환경 시작하기¶

GitHub Codespaces에서 제공하는 사전 구축된 환경을 사용하려면 아래의 "Open in GitHub Codespaces" 버튼을 클릭하세요. 다른 옵션은 환경 옵션을 참조하세요.

환경이 로드되는 동안 계속 읽을 수 있도록 새 브라우저 탭이나 창에서 교육 환경을 여는 것을 권장합니다(장비에 따라 마우스 오른쪽 클릭, ctrl-클릭 또는 cmd-클릭 사용). 과정을 진행하려면 이 지침을 병행하여 열어 두어야 합니다.

환경 기본 사항¶

이 교육 환경에는 교육 과정을 진행하는 데 필요한 모든 소프트웨어, 코드 및 데이터가 포함되어 있으므로 직접 설치할 필요가 없습니다.

codespace는 파일 시스템 탐색기, 코드 편집기 및 터미널 셸을 포함하는 VSCode 인터페이스로 설정되어 있습니다. 과정 중에 제공되는 모든 지침(예: '파일 열기', '코드 편집' 또는 '이 명령 실행')은 별도로 명시되지 않는 한 VSCode 인터페이스의 이 세 부분을 참조합니다.

이 과정을 혼자 진행하는 경우, 자세한 내용은 환경 기본 사항을 숙지하시기 바랍니다.

버전 요구 사항¶

이 교육은 Nextflow 25.10.2 이상 v2 구문 분석기가 활성화된 상태에서 사용하도록 설계되었습니다. 로컬 또는 사용자 정의 환경을 사용하는 경우, 여기에 문서화된 대로 올바른 설정을 사용하고 있는지 확인하세요.

작업 준비하기¶

codespace가 실행되면 교육에 들어가기 전에 두 가지 작업을 수행해야 합니다: 이 특정 과정의 작업 디렉토리를 설정하고 제공된 자료를 살펴보는 것입니다.

작업 디렉토리 설정¶

기본적으로 codespace는 모든 교육 과정의 루트에 작업 디렉토리가 설정된 상태로 열리지만, 이 과정에서는 nf4-science/rnaseq/ 디렉토리에서 작업하게 됩니다.

터미널에서 다음 명령을 실행하여 지금 디렉토리를 변경하세요:

cd nf4-science/rnaseq/

VSCode가 이 디렉토리에 집중하도록 설정하여 파일 탐색기 사이드바에 관련 파일만 표시되도록 할 수 있습니다:

code .

팁

어떤 이유로든 이 디렉토리에서 벗어난 경우(예: codespace가 중지(sleep) 상태가 된 경우), Github Codespaces 교육 환경 내에서 실행한다고 가정하면 전체 경로를 사용하여 항상 돌아올 수 있습니다:

cd /workspaces/training/nf4-science/rnaseq

이제 내용을 살펴보겠습니다.

제공된 자료 탐색하기¶

교육 작업 공간 왼쪽의 파일 탐색기를 사용하여 이 디렉토리의 내용을 탐색할 수 있습니다. 또는 tree 명령을 사용할 수도 있습니다.

과정 전반에 걸쳐 tree의 출력을 사용하여 디렉토리 구조와 내용을 읽기 쉬운 형태로 표현하며, 때로는 명확성을 위해 약간 수정하기도 합니다.

여기서는 세 번째 수준까지 목차를 생성합니다:

tree . -L 3

디렉토리 내용

.
├── data
│   ├── genome.fa
│   ├── paired-end.csv
│   ├── reads
│   │   ├── ENCSR000COQ1_1.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000COQ1_2.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000COQ2_1.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000COQ2_2.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000COR1_1.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000COR1_2.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000COR2_1.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000COR2_2.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000CPO1_1.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000CPO1_2.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000CPO2_1.fastq.gz
│   │   └── ENCSR000CPO2_2.fastq.gz
│   └── single-end.csv
├── nextflow.config
├── rnaseq.nf
└── solutions
    ├── modules
    │   ├── fastqc.nf
    │   ├── fastqc_pe.nf
    │   ├── hisat2_align.nf
    │   ├── hisat2_align_pe.nf
    │   ├── multiqc.nf
    │   ├── trim_galore.nf
    │   └── trim_galore_pe.nf
    ├── rnaseq-2.1.nf
    ├── rnaseq-2.2.nf
    ├── rnaseq-2.3.nf
    ├── rnaseq-3.1.nf
    ├── rnaseq-3.2.nf
    └── rnaseq_pe-3.3.nf

색상이 있는 상자를 클릭하면 섹션이 확장되어 내용을 볼 수 있습니다. 이와 같은 접을 수 있는 섹션을 사용하여 예상되는 명령 출력과 디렉토리 및 파일 내용을 간결하게 표시합니다.

rnaseq.nf 파일은 과정을 진행하면서 구축할 워크플로우 스크립트의 개요입니다.
modules 디렉토리에는 과정 중에 작성할 프로세스 모듈의 개요가 포함되어 있습니다.
nextflow.config 파일은 최소한의 환경 속성을 설정하는 설정 파일입니다. 지금은 무시하셔도 됩니다.
data 디렉토리에는 과정 후반부에 설명되는 입력 데이터 및 관련 리소스가 포함되어 있습니다.
solutions 디렉토리에는 과정의 각 단계에서 생성되는 완성된 워크플로우 스크립트 및 모듈이 포함되어 있습니다. 이들은 작업을 확인하고 문제를 해결하기 위한 참조로 사용하기 위한 것입니다. Part 2 해결책은 Part 3의 시작점으로 사용할 수 있습니다.

준비 상태 체크리스트¶

시작할 준비가 되었다고 생각하시나요?

이 과정의 목표와 전제 조건을 이해했습니다
환경이 실행 중입니다
작업 디렉토리를 적절하게 설정했습니다

모든 항목을 체크할 수 있다면 시작할 준비가 된 것입니다.

Part 1: 방법 개요로 계속하려면 이 페이지의 오른쪽 하단 모서리에 있는 화살표를 클릭하세요.