Rozpoczęcie pracy

Tłumaczenie wspomagane przez AI - dowiedz się więcej i zasugeruj ulepszenia

Zobacz całą playlistę na kanale YouTube Nextflow.

Transkrypcja wideo jest dostępna tutaj.

Wskazówka

Filmy na YouTube mają specjalne funkcje!

• Wysokiej jakości (ręcznie przygotowane) napisy. Włącz je ikoną
• Rozdziały wideo na osi czasu odpowiadające nagłówkom strony.

Uruchom środowisko szkoleniowe

Aby użyć prekonfigurowanego środowiska, które udostępniamy na GitHub Codespaces, kliknij przycisk "Open in GitHub Codespaces" poniżej. Inne opcje znajdziesz w Opcjach środowiska.

Zalecamy otwarcie środowiska szkoleniowego w nowej karcie lub oknie przeglądarki (użyj prawego przycisku myszy, ctrl-click lub cmd-click w zależności od sprzętu), abyś mógł czytać dalej podczas ładowania środowiska. Będziesz musiał trzymać te instrukcje otwarte równolegle, aby pracować z kursem.

Podstawy środowiska

To środowisko szkoleniowe zawiera całe oprogramowanie, kod i dane niezbędne do pracy z kursem szkoleniowym, więc nie musisz niczego instalować samodzielnie.

Codespace jest skonfigurowany z interfejsem VSCode, który obejmuje eksplorator systemu plików, edytor kodu i powłokę terminala. Wszystkie instrukcje podane podczas kursu (np. 'otwórz plik', 'edytuj kod' lub 'uruchom to polecenie') odnoszą się do tych trzech części interfejsu VSCode, chyba że zaznaczono inaczej.

Jeśli pracujesz z tym kursem samodzielnie, zapoznaj się z podstawami środowiska, aby uzyskać więcej szczegółów.

Wymagania wersji

To szkolenie jest zaprojektowane dla Nextflow'a 25.10.2 lub nowszego z WŁĄCZONYM parserem składni v2. Jeśli używasz lokalnego lub niestandardowego środowiska, upewnij się, że używasz prawidłowych ustawień, jak udokumentowano tutaj.

Przygotuj się do pracy

Po uruchomieniu Twojego codespace musisz wykonać dwie czynności zanim zanurzysz się w szkoleniu: ustawić katalog roboczy dla tego konkretnego kursu i przejrzeć dostarczone materiały.

Ustaw katalog roboczy

Domyślnie codespace otwiera się z główną lokalizacją wszystkich kursów szkoleniowych jako katalogiem roboczym, ale tym razem będziemy pracować w katalogu hello-nextflow/.

Zmień teraz katalog, uruchamiając to polecenie w terminalu:

cd hello-nextflow/

Możesz ustawić VSCode, aby skupił się na tym katalogu, tak aby w pasku bocznym eksploratora plików wyświetlały się tylko odpowiednie pliki:

code .

Wskazówka

Jeśli z jakiegokolwiek powodu wyjdziesz z tego katalogu (np. Twój codespace przejdzie w stan uśpienia), zawsze możesz użyć pełnej ścieżki, aby do niego wrócić, zakładając, że uruchamiasz to w środowisku szkoleniowym GitHub Codespaces:

cd /workspaces/training/hello-nextflow

Teraz przyjrzyjmy się zawartości.

Przeglądaj dostarczone materiały

Możesz przeglądać zawartość tego katalogu za pomocą eksploratora plików po lewej stronie przestrzeni roboczej szkolenia. Alternatywnie możesz użyć polecenia tree.

W trakcie kursu używamy wyjścia tree do reprezentowania struktury katalogów i zawartości w czytelnej formie, czasami z drobnymi modyfikacjami dla przejrzystości.

Tutaj generujemy spis treści do drugiego poziomu w głąb:

tree . -L 2

Zawartość katalogu

.
├── data
│   └── greetings.csv
├── hello-channels.nf
├── hello-config.nf
├── hello-containers.nf
├── hello-modules.nf
├── hello-workflow.nf
├── hello-world.nf
├── nextflow.config
├── solutions
│   ├── 1-hello-world
│   ├── 2-hello-channels
│   ├── 3-hello-workflow
│   ├── 4-hello-modules
│   ├── 5-hello-containers
│   └── 6-hello-config
├── test-params.json
└── test-params.yaml

Kliknij na kolorowe pole, aby rozwinąć sekcję i zobaczyć jej zawartość. Używamy takich rozwijanych sekcji, aby zwięźle włączać oczekiwane wyjście poleceń.

• Pliki .nf to skrypty workflow'ów nazwane na podstawie części kursu, w której są używane.

• Plik nextflow.config to plik konfiguracyjny, który ustawia minimalne właściwości środowiska. Na razie możesz go zignorować.

• Plik greetings.csv w data/ zawiera dane wejściowe, których użyjemy w większości kursu. Jest opisany w Części 2 (Channels), kiedy wprowadzamy go po raz pierwszy.

• Pliki test-params.* to pliki konfiguracyjne, których użyjemy w Części 6 (Configuration). Na razie możesz je zignorować.

• Katalog solutions zawiera ukończone skrypty workflow'ów, które są wynikiem każdego etapu kursu. Służą jako odniesienie do weryfikacji Twojej pracy i rozwiązywania problemów.

Lista kontrolna gotowości

Myślisz, że jesteś gotowy do zanurzenia się?

• Rozumiem cel tego kursu i jego wymagania wstępne
• Moje środowisko jest uruchomione
• Ustawiłem odpowiednio Swój katalog roboczy

Jeśli możesz zaznaczyć wszystkie pola, możesz zaczynać.

Aby przejść do Części 1: Hello World, kliknij strzałkę w prawym dolnym rogu tej strony.