Podsumowanie kursu¶
Tłumaczenie wspomagane przez AI - dowiedz się więcej i zasugeruj ulepszenia
Gratulacje z okazji ukończenia kursu szkoleniowego Hello nf-core! 🎉
Twoja droga¶
Zacząłeś od nauki pobierania i uruchamiania demonstracyjnego pipeline'u, a następnie zmierzyłeś się z konwersją prostego workflow'a Nextflow na pipeline nf-core. Nauczyłeś się tworzyć szkielet pipeline'u przy użyciu szablonu i przeszczepiłeś istniejący pipeline na ten szkielet. Następnie stopniowo udoskonalałeś pipeline, zastępując jeden z lokalnych modułów modułem nf-core, przekształcając kolejny z lokalnych modułów tak, aby spełniał standardy nf-core, oraz dodając walidację danych wejściowych.
Co zbudowałeś¶
Twój końcowy pipeline core-hello ma teraz:
- Ustandaryzowaną strukturę wykorzystującą szablon nf-core z uporządkowanymi katalogami dla workflow'ów, subworkflow'ów, modułów i konfiguracji
- Moduły społeczności z repozytorium nf-core (
cat/cat) obok Twoich własnych modułów - Kompleksową walidację, która sprawdza zarówno parametry, jak i dane wejściowe przed uruchomieniem pipeline'u
- Profesjonalną konfigurację z profilami dla różnych środowisk wykonawczych
- Pełną dokumentację i metadane zgodne z konwencjami nf-core
Kluczowe nabyte umiejętności¶
Dzięki temu praktycznemu kursowi nauczyłeś się:
- Poruszać się i rozumieć strukturę pipeline'ów nf-core poprzez eksplorację istniejącego pipeline'u
- Restrukturyzować workflow'y tak, aby były komponowalne i pasowały do szablonu nf-core
- Znajdować i integrować gotowe moduły z repozytorium społeczności
- Tworzyć własne moduły zgodnie ze standardami nf-core dotyczącymi nazewnictwa, struktury i metadanych
- Implementować walidację przy użyciu nf-schema, aby wcześnie wychwytywać błędy z jasnymi komunikatami
Jesteś teraz wyposażony w fundamentalną wiedzę potrzebną do budowania gotowych do produkcji pipeline'ów nf-core, które są zgodne z najlepszymi praktykami społeczności.
Kolejne kroki w rozwijaniu Twoich umiejętności¶
Oto nasze 3 najlepsze sugestie, co zrobić dalej:
- Zastosuj Nextflow'a do naukowego przypadku użycia analizy z Nextflow for Science
- Poznaj bardziej zaawansowane funkcje Nextflow'a dzięki Side Quests
- Zaangażuj się, dołączając do społeczności nf-core.
Na koniec polecamy rzucić okiem na Seqera Platform, platformę chmurową stworzoną przez twórców Nextflow'a, która jeszcze bardziej ułatwia uruchamianie i zarządzanie Twoimi workflow'ami, a także zarządzanie danymi i interaktywne przeprowadzanie analiz w dowolnym środowisku.
Ankieta zwrotna¶
Zanim przejdziesz dalej, poświęć chwilę na wypełnienie ankiety kursu! Twoja opinia pomaga nam ulepszać nasze materiały szkoleniowe dla wszystkich.