Przejdź do treści

Podsumowanie kursu

Tłumaczenie wspomagane przez AI - dowiedz się więcej i zasugeruj ulepszenia

Gratulacje z okazji ukończenia kursu szkoleniowego Nextflow Run! 🎉

Twoja droga

Zacząłeś od bardzo prostego workflow'a i nauczyłeś się go uruchamiać, znajdować wyniki oraz zarządzać jego wykonaniem. Następnie przepracowałeś coraz bardziej złożone wersje tego workflow'a i nauczyłeś się rozpoznawać podstawowe koncepcje i mechanizmy napędzające pipeline'y Nextflow, w tym kanały i operatory, modularyzację kodu oraz kontenery. Na koniec nauczyłeś się dostosowywać konfigurację pipeline'a do Twoich preferencji i infrastruktury obliczeniowej.

Czego się nauczyłeś

Jesteś teraz w stanie zarządzać wykonaniem pipeline'a Hello, opisać jego strukturę i zidentyfikować główne fragmenty zaangażowanego kodu.

  • Ostateczna forma workflow'a Hello przyjmuje jako wejście plik CSV zawierający tekstowe powitania.
  • Cztery kroki są zaimplementowane jako procesy Nextflow (sayHello, convertToUpper, collectGreetings i cowpy) przechowywane w oddzielnych plikach modułów.
  • Wyniki są publikowane do katalogu o nazwie results/.
  • Końcowym wyjściem pipeline'a jest plik tekstowy zawierający grafikę ASCII postaci wypowiadającej powitania pisane wielkimi literami.
sayHello*-output.txtconvertToUpperUPPER-*collectGreetingsCOLLECTED-trio-output.txtHELLOBONJOURHOLàHello, English, 123 Bonjour, French, 456Holà, Spanish, 789greetings.csvHELLOBONJOURHOLàUPPER-Hello-output.txtUPPER-Bonjour-output.txtUPPER-Holà-output.txtcowPycowpy-COLLECTED-trio-output.txt--batch triotrio-report.txtThere were 3 greetingsin this batch.--input_________/ HOLà \| HELLO |\ BONJOUR /--------- \ ,+*^^*+___+++_ \ ,*^^^^ ) \ _+* ^**+_ \ +^ _ _++*+_+++_, ) _+^^*+_ ( ,+*^ ^ \+_ ) { ) ( ,( ,_+--+--, ^) ^\ { (\@) } f ,( ,+-^ __*_*_ ^^\_ ^\ ) {:;-/ (_+*-+^^^^^+*+*<_ _++_)_ ) ) / ( / ( ( ,___ ^*+_+* ) < < \ U _/ ) *--< ) ^\-----++__) ) ) ) ( ) _(^)^^)) ) )\^^^^^))^*+/ / / ( / (_))_^)) ) ) ))^^^^^))^^^)__/ +^^ ( ,/ (^))^)) ) ) ))^^^^^^^))^^) _) *+__+* (_))^) ) ) ))^^^^^^))^^^^^)____*^ \ \_)^)_)) ))^^^^^^^^^^))^^^^) (_ ^\__^^^^^^^^^^^^))^^^^^^^) ^\___ ^\__^^^^^^))^^^^^^^^)\\ ^^^^^\uuu/^^\uuu/^^^^\^\^\^\^\^\^\^\ ___) >____) >___ ^\_\_\_\_\_\_\) ^^^//\\_^^//\\_^ ^(\_\_\_\) ^^^ ^^ ^^^ ^
  1. sayHello: Zapisuje każde powitanie do własnego pliku wyjściowego (np. "Hello-output.txt")
  2. convertToUpper: Konwertuje każde powitanie na wielkie litery (np. "HELLO")
  3. collectGreetings: Zbiera wszystkie powitania pisane wielkimi literami do jednego pliku wsadowego
  4. cowpy: Generuje grafikę ASCII przy użyciu narzędzia cowpy

Konfiguracja workflow'a umożliwia dostarczanie danych wejściowych i parametrów w elastyczny, powtarzalny sposób.

Zdobyte umiejętności

Dzięki temu praktycznemu kursowi nauczyłeś się:

  • Uruchamiać workflow Nextflow lokalnie
  • Znajdować i interpretować wyniki oraz pliki dziennika generowane przez Nextflow
  • Rozpoznawać podstawowe komponenty Nextflow tworzące prosty wieloetapowy workflow
  • Opisywać zaawansowane koncepcje, takie jak operatory i fabryki kanałów
  • Konfigurować pipeline'y dla różnych środowisk obliczeniowych

Jesteś teraz wyposażony w fundamentalną wiedzę potrzebną do rozpoczęcia integrowania istniejących pipeline'ów Nextflow z Twoją własną pracą.

Kolejne kroki w rozwijaniu umiejętności

Oto nasze najlepsze sugestie, co zrobić dalej:

Na koniec zalecamy zapoznanie się z Seqera Platform — platformą chmurową opracowaną przez twórców Nextflow, która jeszcze bardziej ułatwia uruchamianie i zarządzanie workflow'ami, a także zarządzanie danymi i interaktywne przeprowadzanie analiz w dowolnym środowisku.

Uzyskiwanie pomocy

Aby uzyskać zasoby pomocy i wsparcie społeczności, zobacz stronę pomocy.

Ankieta zwrotna

Zanim przejdziesz dalej, poświęć chwilę na wypełnienie ankiety kursu! Twoja opinia pomaga nam ulepszać materiały szkoleniowe dla wszystkich.

Wypełnij ankietę