Nextflow dla genomikicourse¶

Podsumowanie kursu

Tłumaczenie wspomagane przez AI - dowiedz się więcej i zasugeruj ulepszenia

Praktyczny kurs stosowania Nextflow'a w rzeczywistym przypadku użycia z genomiki: wykrywanie wariantów za pomocą GATK.

Ten kurs opiera się na szkoleniu dla początkujących Hello Nextflow i pokazuje, jak używać Nextflow'a w konkretnym kontekście dziedziny genomiki. Zaimplementujesz pipeline do wykrywania wariantów za pomocą GATK (Genome Analysis Toolkit), szeroko stosowanego pakietu oprogramowania do analizy danych z sekwencjonowania o wysokiej przepustowości.
Dodatkowe informacje

Wymagania techniczne

Będziesz potrzebować konta GitHub LUB lokalnej instalacji Nextflow'a. Szczegóły znajdziesz w Opcjach środowiska.
Cele szkoleniowe
- Napisać liniowy workflow do wykrywania wariantów w pojedynczej próbce
- Odpowiednio obsługiwać pliki pomocnicze, takie jak pliki indeksów i zasoby genomu referencyjnego
- Wykorzystać paradygmat przepływu danych Nextflow'a do zrównoleglenia wykrywania wariantów w próbkach
- Zaimplementować wspólne wywoływanie wariantów dla wielu próbek przy użyciu odpowiednich operatorów kanałów
Odbiorcy i wymagania wstępne
- Odbiorcy: Ten kurs jest przeznaczony dla badaczy w dziedzinie genomiki i pokrewnych dziedzinach, którzy chcą tworzyć lub dostosowywać pipeline'y do analizy danych.
- Umiejętności: Zakładamy pewną znajomość wiersza poleceń, podstawowych koncepcji skryptowania oraz popularnych formatów plików genomicznych.
- Wymagania wstępne: Podstawowe koncepcje i narzędzia Nextflow'a omówione w kursie Hello Nextflow.

Przegląd kursu¶

Ten kurs jest praktyczny, z ćwiczeniami zorientowanymi na cel i ustrukturyzowanymi tak, aby stopniowo wprowadzać informacje.

Zaczniesz od ręcznego uruchamiania narzędzi do wykrywania wariantów w terminalu, aby zrozumieć metodologię, a następnie stopniowo zbudujesz pipeline Nextflow'a, który automatyzuje i skaluje analizę.

Plan lekcji¶

Podzieliliśmy to na trzy części, z których każda koncentruje się na konkretnych aspektach stosowania Nextflow'a w przypadku użycia z genomiki.

Rozdział kursu	Podsumowanie	Szacowany czas
Część 1: Przegląd metody	Zrozumienie metodologii wykrywania wariantów i ręczne uruchamianie narzędzi	30 min
Część 2: Wykrywanie wariantów w próbkach	Budowanie pipeline'u, który indeksuje pliki BAM i wykrywa warianty, a następnie skalowanie do wielu próbek	60 min
Część 3: Wspólne wywoływanie w kohorcie	Dodawanie wielopróbkowego wspólnego genotypowania przy użyciu operatorów kanałów do agregowania wyników z próbek	45 min

Pod koniec tego kursu będziesz w stanie zastosować podstawowe koncepcje i narzędzia Nextflow'a do typowego przypadku użycia z genomiki.

Gotowy, aby rozpocząć kurs?

Zacznij