Primeiros Passos

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Inicie um ambiente de treinamento

Para usar o ambiente pré-configurado que fornecemos no GitHub Codespaces, clique no botão "Open in GitHub Codespaces" abaixo. Para outras opções, consulte Opções de ambiente.

Recomendamos abrir o ambiente de treinamento em uma nova aba ou janela do navegador (use clique direito, ctrl-clique ou cmd-clique dependendo do seu equipamento) para que você possa continuar lendo enquanto o ambiente carrega. Você precisará manter estas instruções abertas em paralelo para trabalhar no curso.

Básico do ambiente

Este ambiente de treinamento contém todo o software, código e dados necessários para trabalhar no curso de treinamento, então você não precisa instalar nada por conta própria.

O codespace é configurado com uma interface VSCode, que inclui um explorador de arquivos, um editor de código e um terminal shell. Todas as instruções dadas durante o curso (por exemplo, 'abra o arquivo', 'edite o código' ou 'execute este comando') referem-se a essas três partes da interface VSCode, a menos que especificado de outra forma.

Se você está trabalhando neste curso sozinho, por favor familiarize-se com os fundamentos do ambiente para mais detalhes.

Requisitos de versão

Este treinamento foi projetado para Nextflow 25.10.2 ou posterior com o parser de sintaxe v2 HABILITADO. Se você está usando um ambiente local ou personalizado, certifique-se de estar usando as configurações corretas conforme documentado aqui.

Prepare-se para trabalhar

Uma vez que seu codespace esteja em execução, há duas coisas que você precisa fazer antes de mergulhar no treinamento: definir seu diretório de trabalho para este curso específico e dar uma olhada nos materiais fornecidos.

Defina o diretório de trabalho

Por padrão, o codespace abre com o diretório de trabalho definido na raiz de todos os cursos de treinamento, mas para este curso, trabalharemos no diretório nf4-science/genomics/.

Mude de diretório agora executando este comando no terminal:

cd nf4-science/genomics/

Você pode configurar o VSCode para focar neste diretório, de modo que apenas os arquivos relevantes apareçam na barra lateral do explorador de arquivos:

code .

Dica

Se por qualquer motivo você sair deste diretório (por exemplo, seu codespace entrar em suspensão), você sempre pode usar o caminho completo para retornar a ele, assumindo que você está executando isso dentro do ambiente de treinamento do Github Codespaces:

cd /workspaces/training/nf4-science/genomics

Agora vamos dar uma olhada no conteúdo.

Explore os materiais fornecidos

Você pode explorar o conteúdo deste diretório usando o explorador de arquivos no lado esquerdo do workspace de treinamento. Alternativamente, você pode usar o comando tree.

Ao longo do curso, usamos a saída do tree para representar a estrutura e o conteúdo do diretório de forma legível, às vezes com pequenas modificações para maior clareza.

Aqui geramos um índice de conteúdo até o segundo nível:

tree . -L 2

Conteúdo do diretório

.
├── data
│   ├── bam
│   ├── ref
│   └── samplesheet.csv
├── genomics.nf
├── modules
│   ├── gatk_haplotypecaller.nf
│   ├── gatk_jointgenotyping.nf
│   └── samtools_index.nf
├── nextflow.config
└── solutions
    ├── part2
    └── part3

7 directories, 6 files

Clique na caixa colorida para expandir a seção e visualizar seu conteúdo. Usamos seções recolhíveis como esta para exibir saídas de comando esperadas, bem como conteúdos de diretórios e arquivos de forma concisa.

• O arquivo genomics.nf é uma estrutura base para um script de fluxo de trabalho que você construirá conforme avança no curso.

• O diretório modules contém estruturas base para módulos de processo que você preencherá durante o curso.

• O arquivo nextflow.config é um arquivo de configuração que define propriedades mínimas do ambiente. Você pode ignorá-lo por enquanto.

• O diretório data contém dados de entrada e recursos relacionados, descritos posteriormente no curso.

• O diretório solutions contém scripts de fluxo de trabalho e módulos completos que resultam de cada etapa do curso. Eles são destinados a serem usados como referência para verificar seu trabalho e solucionar quaisquer problemas. A solução da Parte 2 pode ser usada como ponto de partida para a Parte 3.

Lista de verificação de prontidão

Acha que está pronto para mergulhar?

• Eu entendo o objetivo deste curso e seus pré-requisitos
• Meu ambiente está funcionando
• Defini meu diretório de trabalho apropriadamente

Se você pode marcar todas as caixas, está pronto para começar.

Para continuar para a Parte 1: Visão geral do método, clique na seta no canto inferior direito desta página.