Resumo do curso¶
Tradução assistida por IA - saiba mais e sugira melhorias
Parabéns por concluir o curso de treinamento Nextflow para Genômica! 🎉
Sua jornada¶
Você começou executando ferramentas de chamada de variantes manualmente no terminal para entender a metodologia. Depois, construiu um pipeline Nextflow para uma única amostra para automatizar o processo, escalou-o para lidar com múltiplas amostras em paralelo e adicionou genotipagem conjunta de múltiplas amostras usando operadores de canal.
O que você construiu¶
- Um pipeline de chamada de variantes que recebe arquivos BAM como entrada e produz VCFs com chamadas conjuntas como saída.
- Três processos (
SAMTOOLS_INDEX,GATK_HAPLOTYPECALLEReGATK_JOINTGENOTYPING) armazenados em arquivos de módulo separados. - O pipeline paraleliza automaticamente o processamento de amostras de entrada usando o paradigma de fluxo de dados do Nextflow.
- Os resultados são publicados em um diretório chamado
results/.
Habilidades adquiridas¶
Através deste curso prático, você aprendeu como:
- Escrever um fluxo de trabalho linear para aplicar chamada de variantes a uma única amostra
- Lidar adequadamente com arquivos acessórios, como arquivos de índice e recursos do genoma de referência
- Aproveitar o paradigma de fluxo de dados do Nextflow para paralelizar a chamada de variantes por amostra
- Implementar chamada conjunta de múltiplas amostras usando operadores de canal relevantes
Você está agora preparado para começar a aplicar o Nextflow a fluxos de trabalho de análise genômica em seu próprio trabalho.
Próximos passos para desenvolver suas habilidades¶
Aqui estão nossas principais sugestões para o que fazer a seguir:
- Aplique o Nextflow a outros casos de uso de análise científica com Nextflow for Science
- Comece com o nf-core através do Hello nf-core
- Explore recursos mais avançados do Nextflow com as Side Quests
Por fim, recomendamos que você dê uma olhada na Seqera Platform, uma plataforma baseada em nuvem desenvolvida pelos criadores do Nextflow que torna ainda mais fácil lançar e gerenciar seus fluxos de trabalho, além de gerenciar seus dados e executar análises interativamente em qualquer ambiente.
Obtendo ajuda¶
Para recursos de ajuda e suporte da comunidade, consulte a página de Ajuda.
Pesquisa de feedback¶
Antes de prosseguir, por favor, reserve um minuto para completar a pesquisa do curso! Seu feedback nos ajuda a melhorar nossos materiais de treinamento para todos.