Resumo do Curso¶
Tradução assistida por IA - saiba mais e sugira melhorias
Parabéns por concluir o curso de treinamento Nextflow para RNAseq!
Sua jornada¶
Você começou executando ferramentas de processamento de RNAseq manualmente no terminal para entender a metodologia. Depois, você construiu um pipeline Nextflow para uma única amostra para automatizar o processo, escalou-o para lidar com múltiplas amostras em paralelo e o estendeu para lidar com dados paired-end e agregar relatórios de QC entre amostras.
O que você construiu¶
- Um pipeline de processamento de RNAseq que recebe arquivos FASTQ como entrada e produz reads aparados, alinhamentos e relatórios de QC agregados como saída.
- Processos para aparar (Trim Galore), alinhar (HISAT2), controle de qualidade (FastQC) e agregação de relatórios (MultiQC) armazenados em arquivos de módulo separados.
- O pipeline paraleliza automaticamente o processamento de amostras de entrada usando o paradigma de fluxo de dados do Nextflow.
- O pipeline final lida com dados de sequenciamento paired-end.
Habilidades adquiridas¶
Através deste curso prático, você aprendeu como:
- Escrever um fluxo de trabalho linear para aplicar métodos básicos de processamento e QC de RNAseq
- Lidar adequadamente com arquivos específicos do domínio, como FASTQ e recursos de genoma de referência
- Lidar com dados de sequenciamento single-end e paired-end
- Aproveitar o paradigma de fluxo de dados do Nextflow para paralelizar o processamento de RNAseq por amostra
- Agregar relatórios de QC em múltiplas etapas e amostras usando operadores de canal relevantes
Você está agora preparado para começar a aplicar Nextflow a fluxos de trabalho de análise de RNAseq em seu próprio trabalho.
Próximos passos para aprimorar suas habilidades¶
Aqui estão nossas principais sugestões sobre o que fazer a seguir:
- Aplicar Nextflow a outros casos de uso de análise científica com Nextflow para Ciência
- Começar com nf-core com Hello nf-core
- Explorar recursos mais avançados do Nextflow com as Missões Secundárias
Por fim, recomendamos que você dê uma olhada no Seqera Platform, uma plataforma baseada em nuvem desenvolvida pelos criadores do Nextflow que facilita ainda mais o lançamento e gerenciamento de seus fluxos de trabalho, bem como o gerenciamento de seus dados e a execução de análises interativamente em qualquer ambiente.
Obtendo ajuda¶
Para recursos de ajuda e suporte da comunidade, consulte a página de Ajuda.
Pesquisa de feedback¶
Antes de prosseguir, por favor, reserve um minuto para completar a pesquisa do curso! Seu feedback nos ajuda a melhorar nossos materiais de treinamento para todos.