Nextflow Eğitimi¶
-
Self-servis kurslar
Nextflow topluluk eğitim portalına hoş geldiniz!
Aşağıda listelenen eğitim kursları, self-servis bir kaynak olarak kullanılabilecek şekilde tasarlanmıştır. İstediğiniz zaman, Github Codespaces aracılığıyla sağladığımız web tabanlı ortamda veya kendi ortamınızda bu kursları kendi başınıza tamamlayabilirsiniz.
-
Ek bilgiler
Sürüm uyumluluğu
Ocak 2026 itibarıyla, aksi belirtilmedikçe tüm Nextflow eğitim kurslarımız Nextflow sürüm 25.10.2 veya daha yenisini ve strict syntax'ın etkinleştirilmesini gerektirir.
Sürüm gereksinimleri ve strict syntax hakkında daha fazla bilgi için lütfen Nextflow dokümanları migrasyon kılavuzuna bakın.
Eski söz dizimine karşılık gelen eğitim materyalinin eski sürümlerine, bu web sayfasının menü çubuğundaki sürüm seçici aracılığıyla erişilebilir.
Ortam seçenekleri
Eğitim için ihtiyacınız olan her şeyin önceden yüklenmiş olduğu, Github Codespaces üzerinden erişilebilen (ücretsiz bir GitHub hesabı gerektirir) web tabanlı bir eğitim ortamı sağlıyoruz.
Bu sizin ihtiyaçlarınıza uygun değilse, lütfen diğer Ortam seçeneklerine bakın.
Eğitim etkinlikleri
Nextflow eğitimini yapılandırılmış bir etkinliğin parçası olarak almayı tercih ediyorsanız, bunu yapmanız için birçok fırsat bulunmaktadır. Aşağıdaki seçeneklere göz atmanızı öneririz:
- Topluluk ekibi tarafından üç ayda bir düzenlenen Training Weeks
- Seqera Events, Seqera tarafından düzenlenen yüz yüze eğitim etkinliklerini içerir ('Seqera Sessions' ve 'Nextflow Summit' için arama yapın)
- Nextflow Ambassadors, yerel toplulukları için etkinlikler düzenler
- nf-core events, topluluk hackathon'larını içerir
Eğitmenler için bilgiler
Kendi eğitimlerinizi yürüten bir eğitmen iseniz, uygun şekilde atıf yaptığınız sürece materyallerimizi doğrudan eğitim portalından kullanabilirsiniz. Ayrıntılar için aşağıdaki 'Katkılar ve teşekkürler' bölümüne bakın.
Ayrıca, eğitim çabalarınızı nasıl daha iyi destekleyebileceğimiz konusunda sizden haber almak isteriz! Lütfen community@seqera.io adresinden veya topluluk forumundan bizimle iletişime geçin (Yardım sayfasına bakın).
Açık kaynak lisansı ve katkı politikası
Bu eğitim materyali Seqera tarafından geliştirilip sürdürülmekte ve topluluğun yararına açık kaynak lisansı (CC BY-NC-SA) altında yayınlanmaktadır. Bu materyali lisansın kapsamı dışında bir şekilde kullanmak istiyorsanız (ticari kullanım ve yeniden dağıtım konusundaki sınırlamalara dikkat edin), lütfen talebinizi görüşmek için community@seqera.io adresinden bizimle iletişime geçin.
Topluluktan gelen iyileştirmeleri, düzeltmeleri ve hata raporlarını memnuniyetle karşılıyoruz. Her sayfanın sağ üst köşesinde, eğitim kaynak materyaline ilişkin sorunları bildirebileceğiniz veya pull request aracılığıyla değişiklik önerebileceğiniz kod deposuna bağlanan bir simgesi bulunmaktadır. Daha fazla ayrıntı için depodaki
README.mddosyasına bakın.
Yapay Zeka Destekli Çeviri
Bu çeviri yapay zeka kullanılarak oluşturulmuş ve insan çevirmenler tarafından gözden geçirilmiştir. Geri bildirimlerinizi ve iyileştirme önerilerinizi memnuniyetle karşılıyoruz. Daha fazla bilgi için çeviri kılavuzumuza bakın.
Nextflow eğitim kursları kataloğu¶
-
Başlangıç seviyesi
Yeni Başlayanlar için Nextflow¶
Nextflow'a tamamen yeni olanlar için tasarlanmış, alana özgü olmayan kurslar. Her kurs, öğrencilerin becerilerini aşamalı olarak geliştirmelerine yardımcı olmak için tasarlanmış bir dizi eğitim modülünden oluşur.
Hello Nextflow: Kendi pipeline'larınızı geliştirmeyi öğrenin
Bu kurs, basit ama tamamen işlevsel pipeline'lar geliştirmeyi sağlayacak kadar ayrıntılı bir şekilde Nextflow dilinin temel bileşenlerini ve ayrıca pipeline tasarımı, geliştirme ve yapılandırma uygulamalarının temel unsurlarını kapsar.
Nextflow Run: Mevcut pipeline'ları çalıştırmayı öğrenin
Nextflow pipeline'larını çalıştırma ve yapılandırmaya yönelik kısa bir giriş, Hello Nextflow geliştirici kursuna dayanır ancak kod üzerinde daha az odaklanır. Yürütme, çıktılar, temel kod yapısı ve farklı hesaplama ortamları için yapılandırmayı kapsar.
Bilim için Nextflow¶
'Hello Nextflow'da sunulan kavram ve bileşenleri belirli bilimsel kullanım durumlarına uygulamayı öğrenin.
Nextflow for Genomics (varyant çağırma)
Kendi genomik pipeline'larını geliştirmeyi öğrenmek isteyen araştırmacılar için. Kurs, basit ama işlevsel bir genomik pipeline'ın nasıl geliştirileceğini göstermek için bir varyant çağırma kullanım durumu kullanır.
Nextflow for RNAseq (bulk RNAseq)
Kendi RNAseq pipeline'larını geliştirmeyi öğrenmek isteyen araştırmacılar için. Kurs, basit ama işlevsel bir RNAseq pipeline'ının nasıl geliştirileceğini göstermek için bir bulk RNAseq işleme kullanım durumu kullanır.
Nextflow for Imaging (uzamsal omikler)
Analiz pipeline'larını çalıştırmayı ve özelleştirmeyi öğrenmek isteyen görüntüleme ve uzamsal omikler alanındaki araştırmacılar için. Kurs, Nextflow pipeline'larını nasıl çalıştıracağınızı, yapılandıracağınızı ve girdileri nasıl yöneteceğinizi göstermek için biyolojik olarak ilgili bir pipeline olan nf-core/molkart pipeline'ını kullanır.
-
İleri seviye
Nextflow'dan nf-core'a¶
nf-core topluluk projesinden kod ve en iyi uygulamaları kullanmayı öğrenin.
Bu kurslar, Nextflow temellerinden nf-core en iyi uygulamalarına geçmenize yardımcı olur. nf-core topluluğunun pipeline'ları nasıl ve neden oluşturduğunu ve bu tekniklere nasıl katkıda bulunabileceğinizi ve bunları nasıl yeniden kullanabileceğinizi anlayın.
Hello nf-core: nf-core ile başlayın
nf-core uyumlu pipeline'ları çalıştırmayı ve geliştirmeyi öğrenmek isteyen geliştiriciler için. Kurs, nf-core şablonunu ve geliştirme en iyi uygulamalarını takip eden basit ama tamamen işlevsel pipeline'lar geliştirmeyi ve mevcut nf-core modüllerini kullanmayı sağlayacak kadar ayrıntılı bir şekilde nf-core pipeline'larının yapısını kapsar.
İleri Düzey Nextflow Eğitimi¶
Gerçek dünya kullanım durumlarını ele almak için Nextflow pipeline'larını geliştirme ve dağıtma konusunda ileri düzey kavramları ve mekanizmaları öğrenin.
Side Quests: Bağımsız konulara derinlemesine dalışlar
Beceri aralıklarını genişletmek ve/veya belirli konularda becerilerini derinleştirmek isteyen Nextflow geliştiricileri için tasarlanmış bağımsız mini-kurslar. Doğrusal olarak sunulurlar ancak herhangi bir sırada alınabilirler (her mini-kurs genel bakışındaki bağımlılıklara bakın).
Training Collections: Side Quests aracılığıyla önerilen öğrenme yolları
Training Collections, belirli bir tema veya kullanım durumu etrafında kapsamlı bir öğrenme deneyimi sağlamak için birden fazla Side Quest'i birleştirir.
Arşivlenmiş eğitim materyallerini mi arıyorsunuz?
Eski eğitim materyalleri (Fundamentals Training, Advanced Training ve diğer deneysel kurslar), Nextflow 3.0 strict syntax ile uyumsuz oldukları için eğitim portalından kaldırılmıştır. Bu materyallere erişmeniz gerekiyorsa, Ocak 2026'dan önceki git geçmişinde mevcutturlar.
