Genomik için Nextflowcourse¶
-
Kurs Özeti
Yapay zeka destekli çeviri - daha fazla bilgi ve iyileştirme önerileri
Gerçek dünya genomik kullanım senaryosuna Nextflow uygulaması: GATK ile varyant çağırma.
Bu kurs, Hello Nextflow başlangıç eğitimi üzerine inşa edilmiştir ve Nextflow'un genomik alanının özel bağlamında nasıl kullanılacağını gösterir. Yüksek verimli dizileme verilerini analiz etmek için yaygın olarak kullanılan bir yazılım paketi olan GATK (Genome Analysis Toolkit) ile bir varyant çağırma boru hattı uygulayacaksınız.
-
Ek Bilgiler
Teknik Gereksinimler
Bir GitHub hesabına VEYA yerel bir Nextflow kurulumuna ihtiyacınız olacak. Daha fazla ayrıntı için Ortam seçenekleri sayfasına bakın.
Öğrenme Hedefleri
- Tek bir örneğe varyant çağırma uygulamak için doğrusal bir iş akışı yazın
- İndeks dosyaları ve referans genom kaynakları gibi yardımcı dosyaları uygun şekilde yönetin
- Örnek başına varyant çağırmayı paralelleştirmek için Nextflow'un veri akışı paradigmasından yararlanın
- İlgili kanal operatörlerini kullanarak çok örnekli ortak çağırma uygulayın
Hedef Kitle ve Ön Koşullar
- Hedef Kitle: Bu kurs, veri analizi boru hatları geliştirmek veya özelleştirmek isteyen genomik ve ilgili alanlardaki araştırmacılar için tasarlanmıştır.
- Beceriler: Komut satırı, temel betik kavramları ve yaygın genomik dosya formatları hakkında bir miktar bilgi sahibi olunduğu varsayılmaktadır.
- Ön Koşullar: Hello Nextflow kursunda ele alınan temel Nextflow kavramları ve araçları.
Kursa genel bakış¶
Bu kurs uygulamalıdır ve bilgiyi kademeli olarak tanıtmak üzere yapılandırılmış hedefe yönelik alıştırmalar içerir.
Metodolojiyi anlamak için terminalde varyant çağırma araçlarını manuel olarak çalıştırarak başlayacak, ardından analizi otomatikleştiren ve ölçeklendiren bir Nextflow boru hattını aşamalı olarak oluşturacaksınız.
Ders planı¶
Bunu, her biri Nextflow'u bir genomik kullanım senaryosuna uygulamanın belirli yönlerine odaklanan üç bölüme ayırdık.
| Kurs bölümü | Özet | Tahmini süre |
|---|---|---|
| Bölüm 1: Metoda genel bakış | Varyant çağırma metodolojisini anlama ve araçları manuel olarak çalıştırma | 30 dakika |
| Bölüm 2: Örnek başına varyant çağırma | BAM dosyalarını indeksleyen ve varyantları çağıran bir boru hattı oluşturma, ardından birden fazla örneğe ölçeklendirme | 60 dakika |
| Bölüm 3: Kohort üzerinde ortak çağırma | Örnek başına çıktıları toplamak için kanal operatörlerini kullanarak çok örnekli ortak genotipleme ekleme | 45 dakika |
Bu kursun sonunda, temel Nextflow kavramlarını ve araçlarını tipik bir genomik kullanım senaryosuna uygulayabileceksiniz.
Kursa başlamaya hazır mısınız?